2009年2〜9月に山形県、東京都、大阪府、福岡県、沖縄県の5都府県から8件の麻疹ウイルスの分離・検出が報告された。D5型が2月に2件、4月に1件、計3件（いずれも沖縄県の麻疹患者から）検出され、D9型が3月に1件（タイから帰国して15日後に山形県で発症した麻疹患者から、JJID 62: 481-482, 2009）、D8型が9月に日本で初めて1件（沖縄県の渡航歴の無い麻疹患者から、速報参照）分離された。また、A型（ワクチンタイプ）が4月に2件（東京都の水痘患者と大阪府のヘルパンギーナ患者から、いずれもワクチン接種歴不明）、6月に1件（福岡県の突発性発疹患者、ワクチン接種11日後に採取された検体から）検出された。

　2008年1〜12月に北海道、秋田県、群馬県、埼玉県、千葉県、東京都、神奈川県、石川県、山梨県、静岡県、愛知県、三重県、京都府、大阪府、兵庫県、和歌山県、島根県、岡山県、福岡県、佐賀県、熊本県、宮崎県、沖縄県の23都道府県から266件の麻疹ウイルスの分離・検出が報告された。このうち、遺伝子型別まで実施された199件中185件ではD5型が検出されており、他にはH1型5件（3月大阪府3件、5月千葉県2件、いずれも国内例）、D4型1件（5月大阪府、イスラエルから帰国して3日後に発症した患者から）、A型8件（ワクチン接種後3週間以内に採取された検体から）が検出された。

　2007年には2〜12月に北海道、宮城県、秋田県、山形県、福島県、茨城県、群馬県、埼玉県、千葉県、東京都、神奈川県、新潟県、石川県、福井県、山梨県、岐阜県、愛知県、三重県、大阪府、兵庫県、和歌山県、島根県、岡山県、広島県、福岡県、佐賀県、熊本県、大分県、宮崎県、沖縄県の30都道府県から482件が報告された。遺伝子型別まで実施された357件中342件ではD5型が検出されており、他にはA型14件（ワクチン接種後3週間以内に採取された検体から）とH1型1件が検出された。

　D5型は2006年4〜5月に茨城県（9件）、5〜7月に千葉県（13件）、9〜12月に沖縄県（18件）から報告され、2007年は5月をピークに2〜12月に27都道府県からの報告があった。

　H1型は千葉県から2006年5月に3件（うち1件は中国からの帰国前日に発症していた患者から）、2007年5月に1件（中国から帰国して5日後に発症した患者から）の報告があった。