新型インフルエンザの発生に対応して、2009年5月以降、地研で鑑別診断のための検査が行われている（速報参照：1.神戸市第１報、2.沖縄県、3.神戸市第２報）。第19週に最初の新型インフルエンザウイルスAH1pdm検出例が報告され、第20週以降検出数が増加した（図１）。

　AH1pdmは、2009年第19週〜2010年第9週までに全都道府県から29,951件の分離・検出が報告されており（2010年3月11日現在報告分）、このうち、15,633件はPCRで検出、11,980件はPCRで検出後ウイルス分離培養も陽性（速報参照：広島県）、2,338件はPCRでは検出されず分離培養のみで陽性となっている（速報参照：横浜市）。また、下気道炎（肺炎、気管支炎）2,733件（速報参照：1.東京都、2.神戸市）、インフルエンザ脳症306件（速報参照：栃木県）、死亡例92件が報告されている。
　同期間（第19週〜第9週）に季節性インフルエンザウイルスの分離・検出はAH1亜型（Aソ連型）が65件、AH3亜型（A香港型）が922件、B型が128件の報告があり（2010年3月11日現在報告数）、AH1pdmはこの期間の分離・検出例全体の96％を占めている。

　このうち、2009年第19〜35週（2008/09シーズン末）までにAH1pdmが全都道府県から9,553件、AH1亜型が23都府県から65件、AH3亜型が40都道府県から903件、B型が21都道県から103件報告された（図３下）。
　2009/10シーズンに入ってからは、AH1pdmが2009年第36週〜2010年第9週に全都道府県から20,391件報告されている。AH3亜型は第36〜44週に10道県から15件（速報参照：札幌市）報告され、その後16週間報告がなかったが、第8〜9週に4件報告されている（速報参照：熊本県）。B型は2009年第29週以降報告がなかったが、山形系統株が第47週に1件（速報参照：堺市）、第2週に1件（滋賀県）、ビクトリア系統株が第50週に1件（速報参照：新潟県）、第3〜9週に8都道県から20件（速報参照：神戸市）、系統不明株が第5〜8週に3件（富山県）報告されている。AH1亜型は第36週以降報告されていない（図３上）。

　また、輸入例からの分離・検出の報告が、第19〜24週131件（AH1pdm47件、AH1亜型13件、AH3亜型70件、B型1件）、第25〜29週659件（AH1pdm578件、AH1亜型14件、AH3亜型67件）と大きく増加していたが、第30週以降、多くの自治体が疑い例の全例検査を中止したため、第30〜35週145件（AH1pdm123件、AH1亜型1件、AH3亜型21件）、第36週〜第9週33件（AH1pdm29件、AH3亜型4件）と減少している。

　2010年第5〜9週の５週間ではAH1pdmが36都道府県から733件、AH3亜型が熊本県から4件、B型が19件（うち、ビクトリア系統が神奈川県から5件、三重県、兵庫県から各3件、東京都から2件、埼玉県、和歌山県、広島県から各1件、計16件、系統不明が富山県から3件）が報告されている（図２）。

＜参考図＞ 週別インフルエンザ患者報告数とインフルエンザウイルス分離・検出報告数の推移、2008年第36週〜2010年第9週