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4/25/2003


WHOネットワーク研究所が開発した
SARSのPCRプライマー
(4月17日)


SARSの原因と考えられているコロナウイルスのポリメラーゼ遺伝子を増幅するために、WHOネットワークの研究所のうちいくつかで以下の7つのプライマーが開発され、使用されている。これらは現在、疾病の経過中の異なる時点で採取された異なる検体ごとに、その相対的有用性と感度について検討されている。このネットワークのウエッブサイトには、代表的な増幅産物(amplicon)も報告されている。

プライマーに関する検討の結果とWHOの提言は、できる限り早く発表される予定である。RNAの陽性コントロールは、Bernhard-Nocht Institute in Hamburg, Germany から無償で入手できる。

これらのプライマーを使ったPCRの結果は、臨床的診断を補うために用いることができる。しかしながら、この検査方法は症例の確認や除外診断への有効性は確認されていない。現在のところWHOの症例定義に変更はない。SARSの可能性がある患者検体の採取、取り扱い、輸送については、米国疾病対策予防センター(CDC)のウェブサイト (SARS Laboratory and Specimen Information)を参照する。

Bernhard-Nocht Institute
Bernhard-Nocht Str. 74
D-20359 Hamburg
Germany

BNIoutS/BNoutAs: sense ATGAAT TAC CAA GTC AAT GGT TAC
antisense CAT AAC CAG TCG GTA CAG CTA C
FraGment lenGth 195 bp

BNIinS/BNIAs: sense GAA GCT ATT CGT CAC GTT CG
antisense CTGTAGAAA ATC CTA GCT GGA G
Fragment length 110 bp

SAR1s/SAR1as: sense CCT CTC TTG TTC TTG CTC GCA
antisense TAT AGT GAG CCG CCA CAC ATG
Fragment length 150 bp

Amplicon sequence (BNI-1, Bernhard-Nocht Institute, Hamburg, Germany)
TACCGTAGACTCATCTCTATGATGGGTTTCAAAATGAATTACCA
AGTCAATGGTTACCCTAATATGTTTATCACCCGCGAAGAAGCTAT
TCGTCACGTTCGTGCGTGGATTGGCTTTGATGTAGAGGGCTGTCAT
GCAACTAGAGATGCTGTGGGTACTAACCTACCTCTCCAGCTAGGA
TTTTCTACAGGTGTTAACTTAGTAGCTGTACCGACTGGTTATGTTGA
CACTGAAAATAACACAGAATTCACCAGAGTTAATGCAAAACCTCC
ACCAGGTGACCAGTTTAAACATCTTATACC

-More Information   

 

Centers for Disease Control & Prevention
National Centers for Infectious Diseases,
Atlanta GA 30333
1600 Clifton Road, NE, MS-C12
United States

SARS-specific primers:
Cor-p-F2 (+) 5'CTAACATGCTTAGGATAATGG 3',
Cor-p-F3 (+) 5'GCCTCTCTTGTTCTTGCTCGC 3',
Cor-p-R1 (-) 5'CAGGTAAGCGTAAAACTCATC 3',
Product size:
Cor-p-F2/Cor-p-R1 :368 bp
Cor-p-F3/Cor-p-R1 :348 bp

-More Information (PDF)

- SARS-CoV Specific RT-PCR Primers(PDF)

Government Virus Unit
9/F Public Health Laboratory Centre

382 NAm Cheong Street
Shek Kip Mei
Kowloon, Hong Kong SAR
Hong Kong - SAR China

COR-1,COR-2: sense 5' CAC CGT TTC TAC AGG TTA GCT AAC GA 3'

antisense 5' AAA TGT TTA CGC AGG TAA GCG TAA AA 3'

Product size: 310 bp

Queen Mary Hospital
The University of Hong Kong
University Pathology Building
Hong Kong - SAR China

HKU: sense 5' TACACACCTCAGCGTTG 3'

antisense 5' CACGAACGTGACGAAT 3'

Product size 182 bps

 

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