2008年第3週のインフルエンザ定点当たり報告数は9.35（患者報告数44,567）と第2週（定点当たり報告数6.40、患者報告数30,282）に引き続いて増加した。都道府県別では三重県（22.6）、愛知県（20.5）、香川県（18.6）、高知県（17.4）、徳島県（16.7）、静岡県（16.4）、愛媛県（16.3）、宮崎県（13.6）、熊本県（12.4）の順となっている。警報レベルを超えている保健所地域は13箇所（8府県）、注意報レベルのみを超えている保健所地域は176箇所（42都府県）と共に増加した。
第36週以降、これまでにインフルエンザウイルスの検出はAH1亜型（Aソ連型）1,243件、AH3亜型（A香港型）97件、B型19件が報告されている。